Secuenciación del genoma completo de genomas bacterianos: herramientas y aplicaciones

Descripción

Este curso cubrirá el tema de la secuenciación del genoma completo (WGS) de genomas bacterianos que se está volviendo cada vez más relevante para el sector médico. La tecnología y las aplicaciones de WGS ocupan un lugar destacado en la agenda política internacional, ya que los métodos clásicos están siendo reemplazados por la tecnología de WGS y, por lo tanto, las herramientas bioinformáticas son extremadamente importantes para permitir que las personas que trabajan en este sector puedan analizar los datos y obtener resultados que puedan ser interpretados y usado para diferentes propósitos. El curso proporcionará a los alumnos una base para comprender y familiarizarse con las aplicaciones de WGS en la vigilancia de bacterias, incluida la identificación de especies, la tipificación y la caracterización de la resistencia a los antimicrobianos y los rasgos de virulencia, así como la caracterización de plásmidos. También brindará a los alumnos la oportunidad de aprender sobre las herramientas en línea y para qué se pueden utilizar a través de demostraciones sobre cómo utilizar algunas de estas herramientas y ejercicios que los alumnos deben resolver mediante el uso de herramientas de análisis WGS disponibles gratuitamente.

Al final de este curso deberías poder:

1. Describa los principios generales en la tipificación de bacterias.
2. Dé ejemplos de las aplicaciones de la secuenciación del genoma completo para la vigilancia de patógenos bacterianos y la resistencia a los antimicrobianos
3. Aplicar herramientas genómicas para subtipado y vigilancia
4. Defina el concepto de secuenciación de próxima generación y describa los datos de secuencia de NGS
5. Describa cómo hacer un ensamblaje de novo desde lecturas sin procesar hasta contigs
6. Enumere los métodos detrás de las herramientas para la identificación de especies, tipificación MLST y detección de genes de resistencia
7. Aplique las herramientas para la identificación de especies, tipificación MLST y detección de genes de resistencia en casos reales de otros genomas bacterianos y patógenos.
8. Describa los métodos detrás de las herramientas para la tipificación de Salmonella y E. coli, la detección de replicones de plásmidos y la tipificación de plásmidos
9. Utilice las herramientas para la tipificación de Salmonella y E. coli, la detección de replicones de plásmidos y la tipificación de plásmidos en casos reales de otros genomas bacterianos y patógenos.
10. Explique el concepto y sea capaz de utilizar la tubería de análisis bacteriano integrado para el análisis por lotes y la tipificación de datos genómicos.
11. Demostrar cómo construir un árbol filogenético basado en SNP
12. Aplique la herramienta filogenética para construir árboles filogenéticos y explique la relación de las cepas bacterianas o patógenas.
13. Describe cómo crear tu propia base de datos de secuencia
14. Utilice la herramienta MyDbFinder para detectar marcadores genéticos de interés de la secuenciación del genoma completo