Descripción

Los últimos 15 años han sido emocionantes en biología vegetal. Se han secuenciado cientos de genomas de plantas, RNA-seq ha permitido el perfil de expresión de todo el transcriptoma, y ​​una proliferación de métodos basados ​​en "-seq" ha permitido determinar las interacciones proteína-proteína y proteína-ADN de forma económica y con un alto rendimiento conducta. Estos conjuntos de datos a su vez nos permiten generar hipótesis con el clic de un mouse. Por ejemplo, saber dónde y cuándo se expresa un gen puede ayudarnos a reducir el espacio de búsqueda fenotípica cuando no vemos un fenotipo en un gen mutante en condiciones de crecimiento "normales". Los análisis de coexpresión y las redes de asociación pueden proporcionar genes candidatos de alta calidad involucrados en un proceso biológico de interés. El uso de herramientas de análisis de enriquecimiento de Gene Ontology y visualización de vías puede ayudarnos a dar sentido a nuestros propios experimentos ómicos y responder a la pregunta "¿Qué procesos / vías están siendo perturbados en nuestro mutante de interés?"

Estructura: cada uno de los módulos prácticos de 6 semanas consta de una introducción de ~ 2 minutos, una miniconferencia teórica de ~ 20 minutos, un laboratorio práctico de 1.5 horas, una discusión opcional de laboratorio de ~ 20 minutos si tiene dificultades con el laboratorio y Un resumen de ~ 2 minutos.

Herramientas cubiertas:
Módulo 1: DB GENÓMICOS / ÁRBOLES GENÉTICOS PRECOMPUTADOS / HERRAMIENTAS DE PROTEÍNA. Araport, TAIR, Gramene, EnsemblPlants Compara, PLAZA; Navegador SUBA4 y Cell eFP, navegador 1001 Genomes
Módulo 2: HERRAMIENTAS DE EXPRESIÓN. eFP Browser / eFP-Seq Browser, Araport, Genevestigator, TravaDB, NCBI Genome Data Viewer para explorar datos de RNA-seq para muchas especies de plantas distintas de Arabidopsis, base de datos MPSS para ARN pequeños
Módulo 3: HERRAMIENTAS DE COEXPRESIÓN. ATTED II, Expression Angler, AraNet, AtCAST2
Módulo 4: ANÁLISIS PROMOTOR. Cistome, Athena, ePlant
Módulo 5: ANÁLISIS DE ENRIQUECIMIENTO Y VIZUALIZACIÓN DE LA RUTA. AgriGO, AmiGO, Clasificación SuperViewer, TAIR, g: profiler, AraCyc, MapMan (opcional: Plant Reactome)
Módulo 6: EXPLORACIÓN DE RED. Arabidopsis Interactions Viewer 2, ePlant, TF2Network, Virtual Plant, GeneMANIA

[Material actualizado en junio de 2019]

Precio: ¡Inscríbase gratis!

Bioinformática vegetal - Universidad de Toronto